Каждый музей является неповторимым явлением с момента своего основания. Со временем индивидуальные черты дополняются традициями, и через десятилетия работы складывается уникальный организм. Таким по праву можно считать и наш музей — Государственный музей-заповедник «Зарайский кремль», существующий уже более ста лет.
Открытие в октябре 1918 года в Зарайске музея было подготовлено рядом обстоятельств. Во-первых, в маленьком провинциальном городке к этому времени сложилась особая культурная среда, пронизанная духом зарайских древностей. Во-вторых, в дореволюционном Зарайске уже существовали традиции музейного дела, ярким проявлением которых был созданный в 1910 году естественно-исторический музей Зарайского земства. В-третьих, в городе сложилась плеяда людей, готовых посвятить себя делу спасения, сохранения и изучения ускользавшего на глазах культурного наследия. И, наконец, коренные преобразования 1917 года открыли на короткое время неисчерпаемые возможности для комплектования фондов за счет богатейших коллекций так называемых «бывших».
В начале 1918 года в Зарайск был направлен эмиссар музейного отдела Всероссийской коллегии по охране памятников искусства и старины Л. М. Весельчаков, при содействии которого и под руководством И. П. Перлова был создан художественный музей.
Со временем расположившемуся в здании бывших Присутственный мест и Духовного училища музею было передано здание древнего Никольского собора. В нем под руководством К. В. Морозова начал работу отдел церковной архитектуры.
В декабре 1924 года естественно-исторический и культурно-исторический музеи были объединены.
В это время музей активно пополняется за счет изъятия ценностей из окрестных помещичьих усадеб, оставаясь, по сути, единственным учреждением, занимавшимся спасением культурных ценностей.
В конце 1920-х годов музей пережил трудные времена, когда полное безразличие местных властей к плачевному состоянию помещений, в которых хранились и экспонировались бесценные предметы, дополнялось травлей и уголовным преследованием его основателей и ведущих сотрудников.
В 1936 году музей в срочном порядке был переведен в здание Троицкой церкви. Жизнь в музее замирает на долгое время, чтобы возродиться на рубеже 1970–1980 годов. Именно в это время стране и миру были явлены прекрасные произведения искусства, сохраненные немногочисленными сотрудниками.
Новый этап истории начался в 90-е годы прошлого века с приобретением музеем статуса государственного учреждения культуры.