Каждый музей является неповторимым явлением с момента своего основания. Со временем индивидуальные черты дополняются традициями, и через десятилетия работы складывается уникальный организм. Таким по праву можно считать и наш музей — Историко-архитектурный, художественный и археологический музей «Зарайский Кремль», существующий уже почти сто лет.
Открытие в октябре 1918 года в Зарайске музея было подготовлено рядом обстоятельств. Во-первых, в маленьком провинциальном городке к этому времени сложилась особая культурная среда, пронизанная духом зарайских древностей. Во-вторых, в дореволюционном Зарайске уже существовали традиции музейного дела, ярким проявлением которых был созданный в 1910 году естественно-исторический музей Зарайского земства. В-третьих, в городе сложилась плеяда людей, готовых посвятить себя делу спасения, сохранения и изучения ускользавшего на глазах культурного наследия. И, наконец, коренные преобразования 1917 года открыли на короткое время неисчерпаемые возможности для комплектования фондов за счет богатейших коллекций так называемых «бывших».В начале 1918 года в Зарайск был направлен эмиссар музейного отдела Всероссийской коллегии по охране памятников искусства и старины Л. М. Весельчаков, при содействии которого и под руководством И. П. Перлова был создан художественный музей.
Со временем расположившемуся в здании бывших Присутственный мест и Духовного училища музею было передано здание древнего Никольского собора. В нем под руководством К. В. Морозова начал работу отдел церковной архитектуры.
В декабре 1924 года естественно-исторический и культурно-исторический музеи были объединены.
В это время музей активно пополняется за счет изъятия ценностей из окрестных помещичьих усадеб, оставаясь, по сути, единственным учреждением, занимавшимся спасением культурных ценностей.
В конце 1920-х годов музей пережил трудные времена, когда полное безразличие местных властей к плачевному состоянию помещений, в которых хранились и экспонировались бесценные предметы, дополнялось травлей и уголовным преследованием его основателей и ведущих сотрудников.
В 1936 году музей в срочном порядке был переведен в здание Троицкой церкви. Жизнь в музее замирает на долгое время, чтобы возродиться на рубеже 1970–1980 годов. Именно в это время стране и миру были явлены прекрасные произведения искусства, сохраненные немногочисленными сотрудниками.
Новый этап истории начался в 90-е годы прошлого века с приобретением музеем статуса государственного учреждения культуры.